敷地と、その敷地の上にある家屋の所有者が同一人物ではありません。この場合の控除の適用はどのようになるのでしょうか。

居住用の財産を譲渡した場合の3千万円の特別控除の特例は、家屋の持ち主が家屋と敷地を同時に譲渡した場合に適用されるのが原則ですが、敷地と家屋の持ち主が異なり、一定の要件に全部該当する場合は、敷地の持ち主も特例の適用対象になります。
1.家屋と敷地を一括して売却すること
2.家屋と敷地の持主が親族関係で、生計を一つにしていること
3.敷地の所有権を持っている人は、対象家屋の所有権を持っている人と一緒にその家屋で暮らしていること

この場合の控除額は、家屋と敷地の所有者たちと合わせて3千万円が限度となります。控除額の差し引き順番は、家屋→敷地となります。このことから、敷地の持ち主が控除してもらえる金額は、3千万円から家屋の所有者の控除適用額を引いた残額となります。

例えば、家屋を所有している夫が得た譲渡益が2千万円で、敷地を所有している妻の譲渡額が2千万円となっている場合、特別控除額の3千万円から越訴の譲渡益の2千万円を引いた1千万円が、妻の譲渡益から控除してもらえる限度額となります。したがって、この場合の妻の課税対象となる譲渡所得金額は、1千万円となります。