共同で所有していた家屋を売却しようとしています。この場合の特例の適用はどのようになるのでしょうか。

居住用の財産を譲渡した場合の3千万円の特別控除の特例を共有者に適用させる場合は、その共有者の持分によることとなります。
ただし、共有者全員の控除額が3千万円ではなく、各共有者に3千万円の控除ができます。この控除の対象となる為には確定申告を行わなければならないので、確定申告書を1人ずつ作成して提出する必要があります。
ちなみに、家屋の所有主は一人であって、敷地だけが共有されている場合は、家屋以外のものは特例の対象から外されることとなります。